تعد مكتبة ثانوية الاوائل احدى الركائز المهمة التي تصب في خدمة المسيرة العلمية، فبدونها لا يمكن لطالب العلم أن ينجز عمله في البحث والدراسة، فالمكتبة هي منهل العلم والمتعلمين، ولهذا سعت ادارة ثانوية الاوائل للبنين متمثلة بمديرها الاستاذ يوسف هيثم الى إنشاء مكتبة تضم عدداً من الكتب المتعلقة بمختلف الاختصاصات والعلوم والأدب، فضلاً عن الرسائل والأطاريح الجامعية، والدوريات والمجلات العالمية، وتتعدد مصادر تزويد المكتبة بأحدث الكتب والمناهج العلمية، فبعضها يتم تزويده من خلال ادارة المدرسة والبعض الآخر يأتي على شكل إهداءات وتبرعات من الأساتذة التدريسيين أو الموظفين أو الطلبة أو جهات أخرى، لتكون في متناول أيدي المستفيدين من طلبة العلم والباحثين. أما النظام المتبع في المكتبة، فهو نظام الرف المفتوح الذي يتيح للمستفيدين أن يكونوا على مقربة أكثر من الكتب التي تبحث في تخصصاتهم أو تكون قريبة منها بدلاً من شكليات الروتين التي يفرضها نظام الرف المغلق، وتتنوع أقسام وتخصصات المكتبة، إلى الكتب والأبحاث الطبية والعلمية، وكتب القانون والسياسة، وكتب اللغة العربية والأدب والروايات، وكتب الرياضة والأنشطة البدنية، وكتب علم النفس، والكتب الدينية. تتكون مكتبة ثانوية الاوائل للبنين من قاعة واسعة تضم عدداً من المناضد، يزورها الطلاب بشكل يومي طلباً للهدوء والراحة، حيث يقضون أغلب أوقاتهم فيها.